DU kannst die XP Partition von Win98 aus nicht sehen, weil sie ein NTFS Dateisystem ist. Win98 kann nur FAT(16) und FAT32 lesen/schreiben. NTFS wird nicht unterstützt. XP dagegen kann alles lesen/schreiben.
Falls du Systemdateien ersetzen willst, kannst du das mit der XP Boot-CD machen, im Reparaturmodus. Du kannst da z.B. eine Datei "Tralala.sys" von C:/ nach D:/windows/system32 kopieren, da die Boot-CD sowohl FAT32 als auch NTFS lesen/schreiben kann.